Рыба химера полезные свойства


польза и вред, рецепт приготовления

Сегодняшнее изобилие морепродуктов на рынке практически не позволяет удивить настоящих гурманов и ценителей рыбы и деликатесов. Но вот рыба с загадочным названием морской заяц появилась на прилавках совсем недавно. Поэтому, многим любителям кулинарных экспериментов захочется узнать, как можно ее приготовить и в чем ее особенность.

Чего больше всего в Вашем рационе?Poll Options are limited because JavaScript is disabled in your browser.
  • Мясо 38%, 72 голоса

    72 голоса 38%

    72 голоса - 38% из всех голосов

  • Фрукты и овощи 25%, 47 голосов

    47 голосов 25%

    47 голосов - 25% из всех голосов

  • Молочная продукция и яйца 22%, 41 голос

    41 голос 22%

    41 голос - 22% из всех голосов

  • Рыба 15%, 28 голосов

    28 голосов 15%

    28 голосов - 15% из всех голосов

Всего голосов: 188

18.04.2020

×

Вы или с вашего IP уже голосовали.

Как выглядит и где обитает

Настоящее название этого вида рыбы – европейская химера. Относится к классу хрящевых, отряду химерообразных. Часто в точках торговли говорят морской кролик рыба, что в корне неверно, так как существо с таким названием является представителем другого класса. А вот европейская химера – это представитель рыб, тогда как кролик – вид моллюска. Поэтому, стоит отличать эти 2 названия, так как продавцы иногда путают их, выдавая одного представителя за другого, что может внести некоторую неразбериху. Чтобы точно разобраться, желательно изучить фото сразу двух животных.

Рыба морской заяц имеет ареал, распространенный по Северной Атлантике и морям Северного Ледовитого океана. Промышленный лов осуществляют у берегов Королевства Великобритании, Исландии, Норвегии, Франции, Португалии, Италии, северного побережья Африки.

Рыбку встречают в толще воды:

  • В южных теплых морях от 350 до 700 м.
  • В северных – от 200 до 500 м.

К тому же, наблюдается перемещение рыбы в прибрежную зону в зимний промежуток времени. В этот период ее ловят на меньшей глубине.

Внешний вид у морского зайца такой же, как и у всех химерообразных. Рыбу отличает крупная голова округлой формы. На ней располагаются довольно массивные глаза и небольшое ротовое отверстие. Что достаточно хорошо видно на фото.

Тело удлиненной формы, сильно сужающейся к хвостовой части. Хвост постепенно переходит в нить.

Первый спинной плавник большой остроконечный. Тогда как 2 – маленький по высоте и проходит по верхней кромке вдоль всего тела рыбы. Боковые грудные плавники массивные, широко поставленные.

Кожа у рыбы гладкая, редко на ней могут встречаться небольшие шипы. По окрасу спинка темно-коричневая с красноватым оттенком. По бокам располагаются небольшие пятна. А брюшко светлое.

Взрослая особь достигает веса 2,5 кг, тогда как ее длина может составлять 1,5 м.

Отличительной анатомической особенностью особей является отсутствие плавательного пузыря, как и у акул, которые также являются хрящевыми рыбами. По этой причине рыба, для поддержания жизнеспособности, все время должна находиться в движении.

Польза и вред

Морской заяц при употреблении в пищу, как и преобладающее большинство морепродуктов, имеет массу полезных характеристик для человека:

  • Является ценным источником легкоусвояемого белка.
  • Омега-3 жирные кислоты благотворно воздействуют на ЦНС, сосуды, печень, сердечную мышцу, репродуктивную систему, головной мозг, кожу, волосы и ногти.
  • Морская химера богата витаминами А, Е и D, что помогает бороться с авитаминозом.

Несмотря на пользу, прием в пищу мяса европейской химеры следует ограничить, в случае:

  • Беременным и кормящим женщинам, так как рыба является донной и может накапливать в себе токсины.
  • Наличия индивидуальной непереносимости, проявляющейся в виде аллергических реакций.
  • Не стоит употреблять ее в пищу детям до 3 лет.

Как приготовить в духовке

Прежде, чем начать готовить европейскую химеру нужно учесть:

  • Глаза должны быть прозрачными, а жаберные щели внутри красноватыми. Это свидетельство свежести титушки.
  • При разделывании нельзя повреждать плавники. Если это допустить, то мясо будет горчить.
  • Мясо довольно жесткое, но обладает сочностью. Поэтому необходимо точно знать, как правильно его приготовить.

Можно использовать следующий оригинальный рыбный рецепт.

  • Рыба 1-2 тушки
  • Соленый огурец 3 шт
  • Лук репчатый 1 шт
  • Чеснок 3 зубчика
  • Кефир любой жирности 200 гр
  • Сметана 2 ст/л
  • Брынза 200 гр
  • Шампиньоны свежие 200 гр
  • Смесь молотых перцев и соль — по вкусу  
  • Помидоры – в любом количестве для подачи.  
  • Оливковое масло для жарки  
  • Зелень – петрушка, базилик, укроп  

Калории: 123 ккал

Белки: 15 г

Жиры: 23 г

Углеводы: 9 г

PvP-питомцев «Мастерство зверей» | Химера, Червь, Силитид, Гончая недр

Во второй части моего руководства Beast Mastery PvP я собираюсь обсудить PvP-питомцев BM и способы их определения. Поехали…

PvP-питомцы «Мастерство зверей»

Часть выгоды от вложения 51 очка в дерево Мастерства Зверей - это возможность приручить экзотических домашних животных. Хотя в настоящее время они так себе для PvE, преимущества экзотического питомца в PvP, на мой взгляд, просто фантастические.

Во-первых, Beast Mastery предоставляет нам доступ к, возможно, самому сильному питомцу из всех - Химере.

Химера

Химеры хороши по разным причинам. Во-первых, у них есть то, что я считаю лучшим из всех домашних питомцев. Это, конечно же, Дыхание ледяной бури.

Дыхание ледяной бури
  • Диапазон 30 ярдов.
  • снижает скорость передвижения на 50% на 5 секунд.
  • находится на перезарядке 7 секунд (с 3/3 долговечности), что, вероятно, может обеспечить более 70% времени безотказной работы при дебаффе скорости передвижения.
  • нельзя развеять.
  • наносит не бронированный урон от сил природы.

Дыхание ледяной бури владеет. Период. Это отличное заклинание как для наступления, так и для защиты. Это не только упрощает кайтинг в ближнем бою, но и является отличным инструментом для замедления заклинателей, из-за чего им сложнее вас потерять.

Далее, Химеры являются частью семейства хитрых домашних животных. У хитрых питомцев есть множество инструментов, которые очень полезны для PvP.

Вот как я определяю свой…

Cunning Pet BM PvP, сборка
  • Cobra Strikes 2/2 - Быстрая скорость атаки всегда хороша, но для PvP - это фантастика.Хотя они не так сильно бьют, более частые атаки приводят к более эффективным прерываниям заклинателя и большим шансам нанести критический удар. Криты приводят ко множеству хороших вещей.
  • Dive 1/1 - Скорость для PvP важна.
  • Подвижность 1/2 - 1 балл здесь вместе с 3/3 Долговечности даст вашему питомцу возможность нырять на 100% безотказной работы, пока ваш питомец имеет необходимую концентрацию. Если CC не мертв или мертв, от вашего питомца ничего не уйдет.
  • Owl’s Focus 1/2 - я взял здесь 1 балл за небольшую дополнительную эффективность фокусировки.
  • Ошейник с шипами 3/3 - Moar dee pee ess.
  • Culling the Herd 3/3 - 3% дополнительного урона для охотника и питомца после критического удара питомца. Длится 10 секунд. Хорошая вещь.
  • Cornered - Отличная способность для PvP. Это не только улучшает выживаемость питомца, но и делает его свирепым тигром в клетке, когда ему угрожает опасность.
  • Feeding Frenzy 2/2 - Завершающая сила. Очень полезно для убийства.
  • Wolverine Bite 1/1 - зверски опасная атака Хитрости.Обязательный талант.
  • Roar of Recovery 1/1 - Чем больше регенерации маны, тем меньше времени в Viper, тем самым увеличивая способность к атаке. Благодаря сокращенному кулдауну, которым охотники BM пользуются для этого таланта, он доступен примерно каждые 2 минуты. Тем не менее, я рекомендую поставить его на горячую клавишу и активировать вручную. Рекомендуется использовать на ранней стадии, чтобы таймер восстановления сработал как можно скорее. По умолчанию он не сработает, пока вы не достигнете низкого уровня, поэтому лучше активировать его, когда вы снизитесь примерно до 80%.Таким образом, вы, скорее всего, вернете время восстановления, когда оно вам действительно понадобится.
  • Bullheaded 1/1 - Это эквивалент PvP-аксессуара для питомца и стены щита гетто в одном флаконе. У меня есть этот талант на привязке клавиш, когда у моего питомца проблемы, плюс он очень помогает поддерживать давление на вашу цель. О, послушайте, мистер Чернокнижник думает, что может напугать моего питомца, а затем послать в меня Стрелу Хаоса… неправильно… давайте посмотрим, что он думает о Тупоголовом, а затем о Запугивании.
  • Wild Hunt 2/2 - Больше здоровья и больше глубины.Отлично.

Моя сборка питомца ориентирована исключительно на ДПС и давление. Если вам нужна сборка питомца, которая немного больше ориентирована на уменьшение урона для вас и ваших товарищей по команде, то такая сборка может быть больше для вас, так как она обладает талантом сверхъестественного рыка жертвоприношения.

Силитид

Еще один хороший вариант в семье хитрых - силитиды. Силитиды похожи на пауков тем, что у них есть ловушка дальнего боя, однако, в отличие от паутины, Venom Web Spray вредит.

Лично я не вижу использования силитидов вместо химер, но некоторым охотникам они очень нравятся. Я не говорю здесь по собственному опыту, так как я серьезно не использовал их для PvP, но у меня есть одна серьезная проблема с ними. Поскольку Venom Web Spray применяет DoT во время ловушки, это значительно усложняет настройку CC на цели.

Например, паутина не наносит урона, поэтому вы можете использовать ее в своей цели, создав идеальную установку для ледяной стрелы. Цель стоит там, беспомощная против вашего глубокого замораживания, где, как если бы вы попробовали это с силитидом, DoT сломал бы вашу ловушку.Я не считаю, что это большая проблема в загруженной БГ, но на арене это может стать огромным препятствием. Вероятно, это может быть причиной того, что я до сих пор не видел охотника с таким на арене.

Если вам нравятся БГ, а арена не так уж много, то я думаю, что силитиды будут владеть ими. Что касается меня, то я предпочитаю устойчивое снижение скорости передвижения на 50%, которое дает Химера, по сравнению с 4-секундным корнем силитида. Время безотказной работы Froststorm Breath превышает 4-секундный корень при 28-секундном кулдауне. По крайней мере, я так думаю.

Владельцы силитидов… взвеситесь и поделитесь со мной своими мыслями.

Червь

Хотя на самом деле они не дают никакого контроля, кроме крошечной части, которую они получают от заряда, черви - отличный компаньон в PvP. Во-первых, при правильной настройке их очень трудно убить. Это отлично подходит для тех случаев, когда цель DPS переключится на вашего питомца, позволяя вам наносить урон, пока ваш питомец поглощает удары. Поскольку они настолько выносливы, им требуется немного меньше микроменеджмента.Вам не нужно так сильно беспокоиться о том, что ваш червь получит 3-4 выстрела, особенно если питомцы теперь унаследовали полную устойчивость от своего хозяина. 😀

В дополнение ко всей доброте семьи стойкости черви обладают очень полезной способностью PvP в Acid Spit. Acid Spit - отличный инструмент в арсенале охотников за BM. Это что-то вроде охотничьей версии Sunder Armor, только лучше.

Acid Spit можно использовать с расстояния 30 ярдов, время восстановления составляет 7 секунд (с 3/3 долголетия) и снижает броню на 10% за каждое применение, вплоть до 20% (два стека).Он длится 30 секунд, и его продолжительность обновляется после каждого успешного Кислотного плевка. Как будто этого было недостаточно, Acid Spit также наносит не связанный с броней урон от сил природы и может довольно сильно критиковать - легко в районе 1K.

Итог… Кислотный плевок отлично подходит для того, чтобы сжечь тех, кто носит пластины, которые по совпадению также включают некоторые классы, которые могут доставить охотникам самое тяжелое время, например: Ретс, ДК и даже Воины.

Вот как я бы порекомендовал выбрать питомца стойкости BM для PvP, а именно червя.

Tenacity Pet BM PvP, сборка
  • Cobra Strikes 1/2 - 2 очка было бы неплохо, но трудно спорить, пожертвовав очко дальше вниз по дереву, чтобы максимизировать это. 1 балл работает.
  • Заряд 1/1 - Должен быть. Отличная способность для PvP и единственная форма контроля червя, хотя и слабая.
  • Great Stamina 3/3 - Больше здоровья всегда приветствуется в PvP, плюс этот талант дает нам доступ к, о, такой чудесной Крови носорога.
  • Ошейник с шипами 3/3 - на 9% больше урона.Это крайне необходимо, так как у питомцев с упорством гораздо меньше способностей для повышения их ДПС.
  • Boar’s Speed ​​1/1 - у него должна быть дополнительная скорость, чтобы питомец мог поддерживать давление и быстрее добираться до своих целей.
  • Blood of the Rhino 2/2 - Это дает вашему питомцу небольшой дополнительный бафф к запасу здоровья, но, что более важно, превращает вас в личного лекаря вашего питомца. В сочетании с Spirit Bond, Blood of the Rhino делает ваши SB-тики и Mend Pets качеством Resto Druid. Поднимите своего питомца, прежде чем отправить его в атаку, а затем смотрите и смейтесь, пока вражеские цели пытаются его убить.Хорошие времена.
  • Уборка стада 3/3 - Еще глубже.
  • Grace of the Mantis 2/2 - Сам по себе слабый, но он нужен вам, чтобы раскрыть важные таланты дальше вниз.
  • Roar of Sacrifice 1/1 - Заставляет вашего питомца взять его в команду. Это отлично подходит для уменьшения ущерба, когда вы или ваш товарищ по команде попадаете в беду.
  • Intervene 1/1 - Отличная способность для PvP. Макрос это дерьмо и пользуйся. Это спасет вашу задницу, а в случае необходимости и вашего товарища по команде.
  • Wild Hunt 2/2 - Больше здоровья и урона.

Кроме червя, я бы не стал рекомендовать никаких других питомцев стойкости для BM PvP просто потому, что они просто не наносят достаточного урона. BM в значительной степени зависит от урона питомца, поэтому очень важно иметь питомца, который может его принести. Прелесть червя в том, что, хотя он не дает такого же личного DPS, как хитрость или свирепость питомца, дебафф компенсирует это.

Гончая недр

Что касается моего четвертого и последнего предложения, я думаю, что на гончую недр стоит взглянуть.Я сам еще не пробовал, но думаю, что это довольно хороший вариант, особенно сейчас, когда домашние животные унаследовали от охотника полную устойчивость.

Есть несколько причин, по которым Гончие Недр выделяются как питомец BM PvP. Во-первых, их ДПС велик. Будучи свирепыми питомцами, Гончие недр обладают большим количеством талантов, увеличивающих урон, включая более высокий шанс критического удара. Поскольку большая часть ДПС BM Hunter улучшается за счет критов питомцев, повышение шанса критического удара на 9% определенно является плюсом.

В дополнение к их улучшенному урону в секунду благодаря талантам дерева свирепости, то, что действительно выделяет их, - это их особая способность, Lava Breath.Lava Breath имеет радиус действия 30 ярдов, наносит не связанный с броней урон от огня и, что наиболее важно, применяет дебафф, снижающий скорость каста на 25%, который длится 10 секунд. Сама способность находится на 7-секундном кулдауне (с 3/3 в Долговечности), поэтому вполне возможно оставить этого питомца на целителе или на классе кастинга, постоянно поддерживая усиление.

Наконец, еще одна приятная особенность гончих недр - Сердце Феникса. И поверьте мне, это понадобится. Заклинатели назначат награду за голову этого питомца как на арене, так и на BG.Поскольку Гончие Недр - это скорее питомцы со стеклянной пушкой, у которых отсутствуют какие-либо существенные таланты смягчения урона, их можно довольно легко убить. Мгновенное разрешение от Heart of the Phoenix помогает решить эту проблему, особенно на арене.

Свирепость Pet BM PvP сборка

Если я стану достаточно любопытным, чтобы попробовать Core Hound для арены или BG, вероятно, я бы его специфицировал именно так.

Другой способ - бросить Сердце Феникса и пройти 1/2 в Кровожадности, тогда вы сможете получить 6% дополнительного урона от атаки акулы и сможете нанести еще больший ущерб.Однако я бы порекомендовал эту сборку только в том случае, если у вас 2/2 навыка Improved Revive Pet.

Обзор

Что ж, это мои рекомендации относительно питомцев BM PvP. Химера заслужила самую высокую оценку за ее хитрые семейные способности и невероятную медлительность в дальнем бою. Червь - еще один мой предпочтительный выбор из-за его отличной дальнобойной дебаффовой атаки на броню, а также его семейных способностей стойкости, которые повышают выживаемость как для питомца, так и для охотника.Силитид - еще один хороший выбор из-за его ловушки дальнего боя, а также Гончая недр из-за его увеличенного ДПС и дебафф-атаки дальнего боя.

Хорошо, я настоятельно рекомендую этих четырех питомцев для PvP-потребностей BM Hunter. Есть и другие, о которых стоит упомянуть, например: гиены, опустошители и пауки, но я чувствую, что три вышеупомянутых питомца обладают лучшими наборами навыков из всех доступных BM Hunters. Однако выбор питомца может во многом зависеть от вашего стиля игры и состава команды (если вы арена).Используйте мои рекомендации как отправную точку, но во что бы то ни стало выбирайте то, что лучше всего подходит для вас.

Соответствующие руководства и статьи

.Особенности

UCSF Chimera

Различные конформации и даже разные белки можно сравнить переход от одной структуры к другой. Пользователи могут указать метод координатная интерполяция и сколько промежуточных структур должен быть создан. Результат отображается в средстве просмотра траектории Химеры, МД фильм. Затем морф можно сохранить в виде координат или записано как анимация. См. Также: Галерея анимации

(Больше возможностей...)

Средство просмотра Multalign инструмент отображает отдельные последовательности и множественных выравниваний последовательностей .Выравнивания последовательностей можно читать из внешних файлов (несколько форматы) или созданные другими инструментами в Chimera. Структуры, открытые в Химере: , автоматически ассоциируются с достаточно похожими последовательностями при выравнивании. После ассоциации

  • При наведении указателя мыши на остаток в последовательности отображается его структурный номер остатка
  • выбор в последовательности выбирает остатки в структуре (ах) и наоборот
  • структур могут быть наложены на с использованием выравнивания последовательностей
Различные меры по сохранению последовательности и структурная вариация (RMSD) может быть вычислена и показана над последовательностями в виде гистограмм, а на структурах с цветом или радиус червяка. Вторичная структура Можно отобразить элементов как цветные прямоугольники или областей на выравнивании. Регионы также могут быть созданы вручную. (Больше возможностей...)

Одно использование Многодоменный Ассемблер предназначен для настройки сравнительного моделирования и объединение существующих структур для создания полной модели мультидоменного белка. Однако даже без построения модели побочный продукт также полезен: визуальная сводка структур, доступных для последовательности запроса, необязательно фильтруется по таким критериям, как оценка BLAST и% идентичности, расположены по горизонтали примерно в порядке N → C относительно запроса.Перекрывающиеся попадания складываются вертикально, а сегменты без структурного покрытия обозначены сферами. По умолчанию множественное выравнивание последовательностей обращений к запросу также отображается.

На рисунке показаны результаты команды:
mda p08648 ~ / Desktop / MDA limit 4 процента 50
с несовпадениями последовательностей, отмеченными красным цветом, и молекулами, отличными от совпадения цепи синего цвета. Текст и указатели добавлены с помощью 2D Этикетки .

Многодоменный ассемблер описан в бумага.

(Больше возможностей...)

Интерактивные тени (тени, которые перемещаются при перемещении конструкций) можно включить в Диалог эффектов или с помощью команды установить тени. Щелкните изображение, чтобы показать маленькую молекулу, вращающуюся над прямоугольной плоскостью. Эта простая анимация была сделана с помощью командного скрипта Chimera. tumble.com. Интерактивные тени также работают с лентами, поверхностями и т. Д. представления.

(Больше возможностей...)

руб. Карты расстояний создает карту расстояний , обобщение карта контактов белка в котором расстояния остаток-остаток показаны градациями цвета.На карте могут отображаться расстояния Cα-Cα в пределах отдельного белка. цепочка или средние и стандартные отклонения для нескольких связанных цепочек (как на рисунке). Простая двоичная раскраска, такая как стандартная карта контактов, также может быть получено.

(Больше возможностей...)

Путь к ленте по умолчанию - гладкий bspline (на рисунке полупрозрачный загар), которые могут отклоняться от истинного положения атомов основной цепи (α-атомы углерода показаны серыми шарами). Сплайн cardinal позволяет более точно отслеживать магистраль.Без сглаживания (голубой) он точно следует за α-атомами углерода, или его можно комбинировать с некоторыми «Компромиссное» сглаживание пряди и / или рулона. Параметры сплайна ленты можно установить с помощью команда ribspline или в молекуле атрибуты модели.

(Больше возможностей...)

Инструмент PDB / UniProt Info извлекает аннотации последовательности и структуры для Записи банка данных белка (PDB) с использованием веб-службы, предоставляемой RCSB PDB.Последовательности отображаются в Multalign Viewer и аннотации к объектам из UniProt отображаются на последовательности как регионы или цветные прямоугольники. в региональный браузер (рисунок справа):

  • создание региона Активный выбирает любые соответствующие структурные остатки для дальнейших операций; только один регион может быть активен одновременно
  • создание области Показано отображает ее в окне последовательности
  • квадратные цветные колодцы показать (и разрешить изменение) цвета внутренней части и границ области
UniProt аннотации также могут быть получены вместе с последовательностью или сопоставлен с последовательностью уже в Multalign Viewer независимо от того, связан со структурой.(Больше возможностей...)

Оси, плоскости и центроиды могут быть рассчитаны из наборов атомов с помощью Инструмент Axes / Planes / Centroids или команду определить. Оси могут быть показаны как цилиндры, плоскости как диски и центроидов сфер, и любой из них может использоваться для измерения расстояний и углов.

Например, на рисунке показаны рецептор допамина D3 и связанный ингибитор (Запись PDB 3pbl), смоделированная в мембране в База данных OPM.Плоскости внутренней и внешней границ мембраны показаны как прозрачные синие и красные диски соответственно. Белковая лента имеет цвет радуги от синего на N-конце до красного. на С-конце, а ось каждой спирали показана в виде цилиндра подходящего цвета. Ось красной спирали образует с мембраной угол 15,1 °. и находится в пределах 3,5 Å от внутренней границы. Желтая и оранжевая спирали почти антипараллельны (угол пересечения 5,9 °). Среднее (минимальное, максимальное) расстояние атомов ингибитора от внешней границы составляет 7.9 (5,1, 11,7) Å.

(Больше возможностей...)

Chimera предоставляет графический интерфейс для запуска программы. Моделист, либо локально, либо через веб-службу, размещенную на UCSF RBVI. Доступны два типа расчетов:

  • Сравнительное (гомологическое) моделирование . Созданы теоретические модели белка мишень . используя по крайней мере один известный связанный шаблон структура и выравнивание последовательности мишень-матрица.Есть несколько путей для создания этих входных данных в Chimera. См. Также Сравнительное моделирование руководство.
  • Построение частей белка без использования шаблона. Отсутствующие сегменты могут быть построены de novo или существующие сегменты уточняется путем создания дополнительных возможных конформаций.
Modeller разработан Sali Lab. (Больше возможностей...)

Space Navigator - недорогое (60 долларов) USB-устройство ввода от 3Dconnexion для перемещения и вращения моделей в 3-х измерениях.Эта анимация (8 Мб) показывает стыковку фагового фермента (PDB 1v0e) в карту электронной микроскопии (EMDB 1333) с помощью космического навигатора и мыши. Работает с версиями Chimera для Windows и Mac (Детали).

(Больше возможностей...)

Углы белкового остова могут быть показаны в виде Рамачандран Участок вместе с контурами вероятности (зеленые линии) из эталонного набора четко определенных структур. Каждый аминокислотный остаток показан в виде точки на графике зависимости φ от ψ, более известный как сюжет Рамачандрана или карта Рамачандрана.Остатки показаны синими точками или когда выбрано, в виде красных точек. В этом примере были отобраны все остатков спирали . И наоборот, нажатие точки на графике приведет к выберите соответствующий остаток в структуре. Когда график находится в фокусе мыши, положение курсора (x = φ, y = ψ) указано под графиком.

(Больше возможностей...)

Сервер ConSurf дает результаты как Химера Веб-данные; после браузер конфигурация, в один клик отображает структуру запроса с цветовой кодировкой и множественное выравнивание последовательностей с филогенетическим деревом и настраиваемыми заголовками в локально установленной копии Химера (подробности).

Особая благодарность Элане Эрез и группам Ben-Tal и Pupko в Тель-Авивскому университету и Фабиану Глейзеру из Техниона.

(Больше возможностей...)

Инструмент Blast Protein выполняет поиск или psiblast pdb или nr для аналогичных последовательностей к запросу, используя веб-службу, размещенную на UCSF RBVI. Запрос может быть:

  • цепь из строения, открытого в Химере
  • последовательность вставлена ​​как обычный текст
  • последовательность из выравнивания в Средство просмотра Multalign
Результатом является список совпадений, из которых все или выбранное пользователем подмножество можно получить:
  • как псевдо-множественное выравнивание последовательностей (объединение парных совпадений отдельных совпадений с запросом), автоматически отображается в Средство просмотра Multalign
  • в качестве структур (для обращений из pdb ), автоматически накладывается в соответствии с псевдо-кратным выравниванием
(Дополнительные функции...)

Фон графического окна Chimera может быть установлен на один сплошной цвет, вертикальный градиент нескольких цветов или изображение, прочитанное из файла. Эти и связанные с ними параметры можно контролировать с помощью команды задний план или в Задний план раздел предпочтений.

Градиенты могут содержать любое количество цветов и могут отображаться как дискретные полосы или интерполированные в цветовом пространстве RBG или HLS; их можно создавать, просматривать и называть с помощью Редактор палитры.Фоновые изображения можно обрезать, растягивать, центрировать или размещать мозаикой. Форматы изображений включают PNG, TIFF и JPEG.

(Больше возможностей...)

Простой внешний вид, напоминающий рисование линий, может быть получен путем объединения черные силуэты по краям с ровным рассеянным освещением. Изображение слева небольшой молекулы в виде шарика и клюшки можно получить с помощью нескольких Команды химеры. Те же визуальные эффекты можно применить к лентам и другим изображениям, как показано в Цветы нейраминидазы и другие записи галереи изображений.

(Больше возможностей...)

Карты электронной плотности можно читать из локальных файлов или получено из баз данных. Химеры Volume Viewer позволяет интерактивно настраивать уровни контуров, отображение нескольких изоповерхностей для данной карты и ограничение отображения зона вокруг выбранных атомов. На рисунке показана запись PDB 2fma и ее карта электронной плотности. Настройки аналогичны описанным в Плотность Показать учебник. Смотрите также: Объем химеры руководство по отображению

(Больше возможностей...)

В Трубы и доски инструмент показывает белковые спирали как «трубы» (цилиндры) и пряди в виде «досок» (прямоугольные коробки) с соединителями для промежуточной катушки. Регулируемые настройки включают радиус трубы, планку ширина, цвета и необходимость включения стрелок для отображения цепочки N → C направленность (см. инструкции к изображению).

(Больше возможностей...)

Текст, символы и стрелки разных цветов и размеров можно добавить к дисплею Chimera с помощью 2D Инструмент ярлыков или команда 2dlabels.Эти аннотации нарисованы «в плоскости экрана». перед любыми отображаемыми объектами и не двигаться при перемещении объектов. 2D-метки и стрелки включены в сохраненные изображения и видеоролики и могут быть появлялись или исчезали за указанное количество кадров.

(Больше возможностей...)

Учитывая структуру молекул лиганда и рецептора, программы стыковки рассчитывают возможные режимы привязки. В виртуальном скрининге небольшие органические соединения (обычно из многотысячной базы данных) рассматриваются как возможные лиганды, а целевая макромолекула рассматривается как рецептор.

ViewDock облегчает интерактивный выбор соединений от вывода программ стыковки, в том числе ДОК и Maestro / Glide. Обращения можно просмотреть в контексте сайта привязки и отсортированы или отсортированы по различным свойствам, таким как оценка или количество водородных связей с рецептором. Док Инструмент Prep можно использовать для подготовки конструкций к стыковке или другим расчеты путем добавления атомов водорода, присвоения частичных зарядов и выполнение других связанных задач.

(Больше возможностей...)

Конструкции и их карманные измерения могут быть получен прямо из Компьютерный атлас топографии поверхности белков (CASTp) база данных или читать из локальных файлов, ранее возвращенных CASTp сервер. В Chimera карманы показаны карманный список. При выборе строк в списке выполняются такие действия, как увеличение карманов и выделение окружающих атомов.

На рисунке показаны четыре самых больших кармана по объему, обозначенные CASTp для PDB entry 1ovh (полостной мутант лизоцима Т4), показанный на желтый, оранжевый, розовый и пурпурный в порядке уменьшения громкости.Самый крупный из них - активный сайт лизоцима с двумя отверстиями. Второй по величине - инженерная полость. Мутировавшие позиции показаны красным. Зеленые шары - это ионы Cl - .

(Больше возможностей...)

Мультимасштабные модели расширение позволяет Химере отображать большие комплексы, такие как вирусные капсиды, рибосомы и хроматин. Он отображает четвертичную структуру моделей PDB и позволяет субъединицы, которые необходимо выбрать и показать атомарно. Матрицы считываются из файлов PDB, которые определяют биологическую единицу.Также может быть показана кристаллографическая упаковка.

(Больше возможностей...)

  • определение типов атомов в произвольных молекулах, включая нестандартные остатки
  • способность добавлять атомы водорода
  • высококачественная идентификация водородной связи
  • выбор атомов / связей по элементу, типу атома, функциональная группа, аминокислотная категория
  • интерактивное вращение связки, измерение расстояния и угла

(Дополнительные функции...)

Пользователи могут легко импортировать данные, связанные со структурой, в Chimera. в виде атрибутов , или значения, связанные с атомами, остатками или моделями. Данные можно импортировать с помощью Определить атрибут а потом представлен визуально с цветовыми диапазонами, атомными радиусами, или "червячная" толщина. Такие данные также могут быть программно обрабатывается в Chimera, и на самом деле Chimera был разработан с учетом расширяемости и программируемости. Это в значительной степени реализовано в Python с некоторыми функциями закодирован в C ++ для повышения эффективности.Python - это простой в освоении интерпретируемый язык с объектно-ориентированными функциями. Все химеры функциональность доступна через Python, и пользователи могут реализовать собственные алгоритмы и расширения без каких-либо изменений кода Chimera, поэтому любые такие настраиваемые расширения будут продолжать работать через Химера выпускает. Много примеры программирования предоставляются в помощь разработчикам расширений.

(Больше возможностей...)

Химеры Отображение Volume Viewer данные трехмерного электронного и светового микроскопа , Рентгеновские карты плотности, электростатического потенциала и др. объемные данные. Контурные поверхности, сетки и объемные Предоставляются стили отображения, а пороговые значения можно изменять в интерактивном режиме. Карты могут быть цветные, нарезанные, сегментированные, и изменения могут быть сохранены. Можно разместить маркеры и проследить строения. На прилагаемом изображении показана карта плотности Вирус мухи ламинарии от электронной микроскопии окрашен радиально и с вырезанным октантом.

(Больше возможностей...)

Муха Команда может анимировать полет сквозь молекулярные структуры.Щелкните изображение в качестве примера, чтобы лететь по копируемой РНК. ротавирусная РНК-полимераза (PDB 2r7r), фермент, который реплицирует 11 сегментов вирусной РНК. См видео показывает, как создавалась эта анимация.

(Больше возможностей...)

Объемные данные можно показать одну плоскость (или плиту) одновременно с Самолеты особенность в Volume Viewer. Плоский дисплей может быть настроен на колебание вдоль оси данных X, Y или Z или положение плоскости могут быть указаны в интерактивном режиме с ползунком.

(Больше возможностей...)

Поверхность может быть цветной радиально, то есть по расстоянию от заданной пользователем точки. Дополнительные возможности включают раскраску по расстоянию от оси или плоскости. Могут применяться разные схемы окраски.

(Больше возможностей...)

Боковые цепи аминокислот принимают различные конформационные состояния, или ротамеров . Ротамеры из Backbone-зависимой библиотеки Dunbrack или "предпоследнюю" библиотеку Ричардсона можно просмотреть, оценить, и включены в структуры с Инструмент Rotamers.Остаток может быть изменен на другую конформацию того же типа аминокислоты или мутировал в другой тип. Углы кручения ротамера и значения вероятности библиотеки перечислены в диалоговом окне, наряду с (необязательно) водородными связями, конфликтами и соглашением с данные электронной плотности. Отображаются только ротамеры, выбранные в списке. Если выбран один ротамер, он может быть включен в структуру. Изображение включает 2D этикетки.

(Больше возможностей...)

Специальные представления ДНК и РНК могут отображаться с Нуклеотиды инструмент или команда нуклеотиды.Доступны разные уровни абстракции. На рисунке изображена лента магистраль в сочетании со следующими вариантами боковой цепи (сахар / основа):

  • ступеньки лестницы
  • атомные представления с заполненным кольцом
  • «леденцы на палочке», в которых основания показаны в виде эллипсоидов, а сахара - в виде трубок
Основания также могут отображаться в виде прямоугольников или эллиптических трубок, с неровностями или без них для обозначения ориентации. Цвета специальных изображений обновятся автоматически. чтобы соответствовать соответствующим атомам.(Больше возможностей...)

Связанные карты плотности можно сравнить с помощью переходя от одного к другому. Несколько промежуточных карт генерируются путем интерполяции между начальная и конечная карты. Морфинг можно просматривать в интерактивном режиме и записывать как фильм. Уровень контура можно регулировать автоматически, чтобы сохранить закрытый объем. постоянная на протяжении морфа и другие аспекты отображения карты можно отрегулировать с помощью Volume Viewer.

(Больше возможностей...)

Инструмент Metal Geometry облегчает анализ металлической привязки места.В нем перечислены возможные атомы, координирующие металл. (близлежащие нуклеофильные гетероатомы) и предполагает вероятную координационную геометрию. Идеализированная геометрия может быть изображена сплошными стрелками, как показано на рисунке для октаэдрической координации Mn ++ шестью атомами, а координационные псевдосвязи в конструкции могут быть обновлены для соответствия выбранной геометрии.

(Больше возможностей...)

В Chimera есть несколько способов наложения структур:
• MatchMaker выполняет подгонку после автоматической идентификации какие остатки следует соединить в пару.В паре используются как последовательность, так и вторичная структура, позволяет накладывать аналогичные структуры, даже если их сходство последовательностей от низкого до необнаружимого.
На рисунке показаны пять отдаленно родственных белков. (попарные идентичности последовательностей суперсемейства SCOP WD40 до и после Суперпозиция MatchMaker с параметрами по умолчанию.
• Структуры можно подобрать с использованием ранее существовавшего выравнивания последовательностей.
• Точные атомы для пары можно указать с помощью команда match. Это работает с любым типом структуры, в то время как предыдущие методы относятся только к пептидным и нуклеотидным цепям.
• Структуры можно накладывать вручную с помощью активация / деактивация их для движения и с помощью мыши.

(Больше возможностей...)

Учитывая две или более наложенных друг на друга структур, Match → Align создает соответствующее выравнивание последовательностей. Пользователь указывает предельное расстояние для остатков, которые могут быть в том же столбце выходного выравнивания. В белках расстояния измеряются между α-атомами углерода. Метод не зависит от типов остатков и от того, как конструкции были наложены.
На рисунке показана суперпозиция из MatchMaker пяти белков из Суперсемейство SCOP WD40 и соответствующее выравнивание последовательностей из Match → Align, автоматически отображается в Multalign Viewer. В выравнивании последовательностей светло-зеленые и желтые квадраты обозначают пряди и спирали, а заголовки RMSD и Conservation показывают пространственную и последовательность консервация соответственно.

(Больше возможностей...)

Анизотропные B-факторы можно представить в виде эллипсоидов, с осями эллипсоида и радиусами, представляющими собственные векторы и собственные значения матрицы среднеквадратичных смещений атомов.Анизотропные B-факторы считываются из входного файла координат (например, из записей ANISOU в файле PDB) и может отображаться с помощью инструмента Термический Эллипсоиды или команда анисо. На рисунке показаны эллипсоиды, масштабированные для включения 50% вероятности для гем и соседние атомы из записи PDB 1a6m.

(Больше возможностей...)
.

Caves of Qud Общие обсуждения

Есть много хороших физических мутаций. Есть много плохого. Эх, я могу пойти вниз по списку. Обратите внимание, что вам нужна Химера только тогда, когда вы планируете получить много мутаций, все на уровне 1. Итак, вы хотите, чтобы те мутации, которые начинались, были действительно полезными.

Adrenal Control: очень прочная мутация, хорошая мутация для получения 1 уровня. Это немного дорого, но я думаю, что это лучшая скоростная мутация, если вы используете ее всплесками.

Burrowing Claws: Не очень полезен. Копание - слишком редкое явление со слишком большим количеством альтернатив, чтобы это было действительно полезно, а ручной слот (в физических сборках, которые есть у всех эсперов) очень не хватает. Кроме того, вы все равно не сможете копать с его помощью стены с более высокой прочностью, не улучшив его.

Панцирь: Как уже упоминалось в другом месте, очень сильный, если его улучшить, но на уровне 1 это немного бесполезно, легко масштабируется другими доспехами.

Генерация коррозионного газа: Слабость на уровне 1, требует улучшений и даже в этом случае не очень полезна.

Double-Muscled: Может быть действительно полезен при наращивании силы, а 6 очков движения действительно не так уж и важны.

Генерация электричества: Достойное последнее средство в начале игры и, вероятно, наносит больший урон сильному врагу, чем вы можете нанести за ход.

Электромагнитный импульс: Я / никогда / не нашел применения этой мутации. Может, когда-то видел ситуацию, в которой я этого хотел.

Flaming / Freezing Hands: Как уже упоминалось, хорошо масштабируется. Однако вам нужно отказаться от слота для рук, и без обновлений ни один из них не может сильно повлиять на временные уровни или нанести большой урон.Не так хорошо для сборки Химеры.

Повышенный слух: мусор

Повышенная скорость: менее чем вдвое лучше, чем 1 уровень контроля надпочечников, и выносливость может быть весьма значительной, если вы начинаете с низкого уровня. Однако в сборках с более высокой прочностью он менее болезненен и оставляет меньше для ГСЧ. Тем не менее, про 7 быстроты говорить не стоит.

Рога: Интересно тем, что нет ограничения силы, поэтому он масштабируется в зависимости от силы, а также уровня мутации, что означает, что это довольно хорошая мутация 1-го уровня.

Multiple Arms: Мусор, кроме / возможно / можно использовать в билде с двумя оружиями (для шквала).

Multiple Legs: Слишком дорого, влияет только на движение и вначале совершенно неэффективно.

Ночное видение: дешево и очень полезно при построении щитов / двух рук в начале игры. Однако позже его затмили плавающие источники света.

Phasing: Очень полезно на уровне 1 в качестве пути эвакуации, но очень дорого.

Фотосинтетическая кожа: Часы голода невозможно использовать на уровне 1, они не могут быть использованы для эспера.

Quills: Не / слишком / плохо, но жертва основного слота для брони - большое дело, урон хороший, даже на уровне 1, но низкий пробой означает, что более сильные враги даже не почувствуют его.

Регенерация: Слишком дорого и не учитывает стиль Куда как взрывного боевого жанра roguelike. Это не та игра, в которой отдых после каждого боя - несостоятельная стратегия, так что сокращать это на самом деле бесполезно. Часть конечностей хороша, но Ubernostrum не такой уж и редкий, и вы можете просто избежать сумасшедших.

Генерация сонного газа: слишком мала по площади и длительности на уровне 1, чтобы быть полезным.

Slime Glands: дешево и полезно, но вы должны подумать о том, как они впишутся в вашу сборку.

Спиннереты: Хорошие, могут использоваться на узких участках, но не так универсальны, как на более высоких уровнях. Тем не менее, если вы планируете заранее, вы можете заранее расставить ловушки или заманить врагов в ловушки в коридорах.

Stinger: Хороший дополнительный урон в начале игры, но само жало скоро станет намного слабее, чем ваши настоящие атаки.Кроме того, эффекты токсинов действительно довольно слабы, пока вы их не улучшите.

Толстый мех: дешево, но незначительно.

Тройное соединение: полезно в сборке Shortblades, сомнительно в других. Сила слишком важна.

Двуглавый: Бесполезен в химере.

Двусердечие: дебафф быстроты очень незначительный, а выносливость всегда хороша. Полезно даже на уровне 1.

Крылья: Полезно для того, чтобы убежать от врагов ближнего боя, и вы можете стрелять в них с воздуха. Однако на низких уровнях это ненадежно.Тем не менее, он предотвращает потерю, а двигаться быстрее - приятно.

В заключение, хорошими мутациями являются: Контроль надпочечников, Двойная мускулатура, Электрическая генерация, Рога, Фазирование, Слизистые железы, Спиннереты, Двусердечие и Крылья.

Однако в обычной сборке этот список выглядит совершенно иначе.

.

Смотрите также